1988年出生於台東市，旅居日本多年。畢業於政治大學廣播電視學系、東京造形大學研究所電影專攻碩士。大學期間開始於《文化研究月報》、 《電影欣賞》等刊物發表影評與研究文章，並擔任《幼獅文藝》雜誌影評人、也曾參與台北電影節特刊文字工作。2010年首部紀錄短片《五谷王北街到台北》以民族誌手法紀錄台灣工廠的泰國勞工，入選杭州亞洲青年電影節、北京獨立電影展等多項影展。2013年發表私紀錄片《夜晚的溫度》，該片入圍瑞士真實影展國際競賽單元、布宜諾斯艾利斯國際紀錄片影展、台北電影節台北電影獎等影展。 2013年入選由河瀨直美監製、奈良國際電影節與瑞士日內瓦藝術大學共同籌畫之「Grand Voyage：壯大的航海」創作計畫，於奈良縣田原村駐村一個月，完成紀錄短片《杣人》，並於2014年奈良國際電影節首映。
2015 年於台灣成立木林電影有限公司，隔年於沖繩成立據點，進行一系列關於沖繩台灣移民、台日殖民後裔等題材的創作，開啟以戰前移民到八重山群島的「八重山台灣人」為題材的「狂山之海」系列紀錄片計劃，並入選2015年柏林影展新銳營「紀錄片工作站」（Doc Station）。第一部曲《海的彼端》於2016年完成，並於台、日院線上映。該片以一大家族之返鄉之旅為主軸，爬梳八十年移民史，榮獲2017年新藤兼人賞「製片賞」、入圍台北電影節台北電影獎、韓國DMZ國際紀錄片影展亞洲競賽、大阪亞洲電影節、夏威夷電影節等影展。
2019年，黃胤毓於日本設立「木林製作」，並積極參與國際製作及紀錄片製片，並代表台灣入選捷克伊赫拉瓦國際紀錄片影展「新銳製片人2020」（Emerging Producers 2020）活動。除了影片製作以外，黃胤毓亦擔任「石垣島國際電影節」（Cinema at Sea – Ishigaki Island International Film Festival）策展人。
2021年以戰前「西表礦坑」為題材的「狂山之海」第二部曲《綠色牢籠》於大阪亞洲電影節首映、該片於提案階段獲得許多國際矚目，曾獲瑞士真實影展國際提案單元首獎。同時於台日出版專書《綠色牢籠：埋藏於沖繩西表島礦坑的台灣記憶》。
